#新基因组技术

中国农业科学院农业基因组研究所农业基因编辑技术创新团队开发了家畜全基因组等位基因特异性表达分析新方法,解码猪基因表达调控密码,相关研究发表在Genome Biology上。团队分析了6020份猪转录组数据,覆盖34个品种、42种组织,发现猪基因组中存在超30万个等位基因特异性表达位点,为猪精准育种和功能基因组学研究提供数据支撑。

中国农业科学院农业基因组研究所农业基因编辑技术创新团队开发了一套家畜全基因组等位基因特异性表达分析新方法,解码猪基因表达调控密码。团队分析了公共数据库中6020份猪转录组数据,覆盖34个品种、42种组织,发现猪基因组中存在超30万个等位基因特异性表达位点,且不同组织、不同品种间差异显著。西方瘦肉型猪集中在生长和产肉相关基因,中国地方猪集中在脂肪沉积和繁殖相关基因。相关数据和方法已完整开源。研究成果发表在《基因组生物学(Genome Biology)》上。

安徽省农科院水产所参与徽州斑鳜分子育种遗传基础研究，对新安江、衢江、长江、闽江4个野生群体开展全基因组重测序：与衢江群体遗传分化最小、分化系数0.0507，与长江、闽江群体差异显著；筛出受选择基因370个和273个，开发分子鉴别标记7个。

福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所罗土炎研究员团队，联合海南大学、福建省水产技术推广总站等单位，首次完成大黄鱼锥体虫染色体水平、无缺口全基因组组装。相关成果于 2026 年 7 月 9 日在线发表于国际期刊 Scientific Data。联合研究团队最终获得总长度约 51.04 Mb 的高质量参考基因组，并组装为 35 条拟染色体，共预测出 10172 个蛋白编码基因。

近日中国农业科学院农业基因组研究所农业基因编辑技术创新团队联合多家单位，成功构建了面向猪的轻量型基因组语言模型及多任务评测平台，实现对猪基因组功能区域的高效精准预测。采用'突变优先学习'策略，模型在多项任务上的性能接近甚至超过部分超大参数模型。

原文标题: Artificial Intelligence Empowering Modern Agricultural Biological Breeding。作者: 徐启玉、郑波、钟上威（北京大学现代农业研究院、潍坊市科技创新促进中心、北京大学生命科学学院）。DOI: 10.12133/j.smartag.SA202602016。本文系统探究AI驱动植物育种范式变革的底层逻辑，梳理智慧育种的代际演变及其在表型解析、基因组预测和分子设计等关键环节的技术进展，并深入探讨育种大模型对育种全流程的重构作用，以期为中国种业科技实现自立自强提供理论参考。重点阐述AI在种质资源高效挖掘、高通量表型精准解析、全基因组选择模型预测及分子设计育种等关键环节的技术逻辑与实证案例，并针对跨学科数据壁垒、深度学习算法的可解释性不足、复杂变动环境下的模型泛化能力弱等核心挑战进行了深入分析。

2026年9月18日，中国农科院基因组所（大鹏湾实验室）商连光团队联合崖州湾国家实验室、盐碱地综合利用国家技术创新中心，在《分子植物（Molecular Plant）》上在线发表题为'OASIS, a self-evolving AI scientist that integrates omics data and literature knowledge for plant stress research'的研究论文。该研究开发了面向植物逆境研究的自进化AI科学家'绿洲'（OASIS）。系统将大语言模型、多智能体协作、植物逆境文献知识库以及组学和遗传数据纳入同一科研流程。'绿洲'将复杂科研任务拆解为多个子任务，由6个AI智能体分工协作完成。研究团队进一步以水稻耐盐为案例，对'绿洲'提出的候选基因开展实验验证，形成了从科学问题到候选假说再到实验验证的完整研究路径。

福建省农科院农业质量标准与检测技术研究所罗士炎研究员团队首次破译大黄鱼锥体虫基因组，整合PacBio HiFi高精度长读长测序、Hi-C染色质构象捕获技术开展全基因组解析，并开展跨物种比较基因组学分析，在锥体虫属系统演化中甄别到515个显著扩张基因家族。该基因组将作为"病原说明书"用于筛选特异性诊断标志物、开发分子检测方法、追踪病原遗传变化以及寻找药物作用靶点。